普通0.2ml管和0.1ml管對(duì)qPCR實(shí)驗(yàn)結(jié)果會(huì)有什么不同的影響?
首先,我們先來看一下市場(chǎng)上這些主流qPCR儀,比如國(guó)外的ABI的7500 Fast,Roche的LightCycler96和LightCycler480,Bio-Rad的CFX96 Touch,等以及國(guó)內(nèi)的朗基Q1000/Q1000+和Q2000系列,它們都已經(jīng)以0.1ml管為標(biāo)配耗材,像賽默飛更是向定量PCR用戶推薦優(yōu)先選擇低容(0.1ml)耗材。趨勢(shì)已來,勢(shì)不可擋。
那么在定量PCR實(shí)驗(yàn)中,為什么0.1mlPCR管比普通0.2ml管有著天然的優(yōu)勢(shì)呢?
首先我們看外形,普通管要比0.1ml管高很多(見圖1)。
? 縮小死體積,避免掛壁冷凝水
當(dāng)加入同樣體積的反應(yīng)液時(shí),相比0.2ml管,0.1ml管的反應(yīng)液上方空間(也稱死體積)則相對(duì)小得多,浪費(fèi)的空間就更少(見圖2)。實(shí)驗(yàn)中隨著樣品臺(tái)逐漸升溫,管內(nèi)加熱后產(chǎn)生的水蒸氣會(huì)進(jìn)入上方空間,普通管容納了更多的水蒸氣,導(dǎo)致反應(yīng)液被濃縮,反應(yīng)液成分的變化進(jìn)而影響到導(dǎo)熱性和液體溫度,從而影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果的穩(wěn)定性和精確性。相反,對(duì)于0.1ml管來說,就會(huì)大大減少死體積,使得反應(yīng)成分更穩(wěn)定,重復(fù)性更好。
另外,由于普通管中的水蒸氣要經(jīng)過更長(zhǎng)距離的裸露部分才能到達(dá)頂部的熱蓋處(見圖3),不可避免地導(dǎo)致一些冷凝水掛壁現(xiàn)象的形成,這對(duì)熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)是致命的。因?yàn)閽毂诘睦淠拖褚粋€(gè)個(gè)微型透鏡,造成熒光的折射和散射,劣化并衰減檢測(cè)器信號(hào)的一致性,降低靈敏度。
而0.1ml管由于被樣品臺(tái)充分包裹,裸露在樣品臺(tái)外面的部分極少,與熱蓋的距離也更近,大大降低了掛壁冷凝水的產(chǎn)生,以及冷凝水污染的可能性,當(dāng)然實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)就更準(zhǔn)確啦。
圖2
圖3
? 短光程,提高熒光捕獲率
由于試劑成本越來越高,實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的反應(yīng)體積越來越小,最常見就是20-25ul,甚至在定量PCR實(shí)驗(yàn)中,5-10ul的用戶也是屢見不鮮,對(duì)0.1ml管來說綽綽有余,即使加50ul 也不在話下